Schema generation
Schema was generated by:
- Write OA v1 tables
dbconn <- DBI::dbConnect(
drv = RPostgres::Postgres(),
dbname = "nemo",
user = "orcabus"
)
Oncoanalyser$new("nogit/oa_v1")
oa$magic(format = "db", id = "oa_run_v1", dbconn = dbconn)
DBI::dbDisconnect(dbconn)pg_dump --schema-only nemo > schema_oa_v1.txt
dropdb --force nemo
createdb nemo- Write OA v2 tables
dbconn <- DBI::dbConnect(
drv = RPostgres::Postgres(),
dbname = "nemo",
user = "orcabus"
)
Oncoanalyser$new("nogit/oa_v2")
oa$magic(format = "db", id = "oa_run_v2", dbconn = dbconn)
DBI::dbDisconnect(dbconn)pg_dump --schema-only nemo > schema_oa_v2.txt
dropdb --force nemo- Merge schemas
After diffing the two schemas a merged one was (manually) created.
Database creation
createdb nemo
cat schema1.sql | psql nemoResult
select * from pg_catalog.pg_tables where schemaname='public';
schemaname │ tablename │ tableowner │ tablespace │ hasindexes │ hasrules │ hastriggers │ rowsecurity
════════════╪═════════════════════════════╪════════════╪════════════╪════════════╪══════════╪═════════════╪═════════════
public │ amber_contaminationtsv │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ alignments_dupfreq │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ alignments_markdup_histo │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ alignments_markdup_metrics │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ amber_bafpcf │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ amber_baftsv │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ amber_homozygousregion │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ bamtools_coverage │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ amber_qc │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ bamtools_flagstats │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ bamtools_fraglength │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ bamtools_partitionstats │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ bamtools_summary │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ bamtools_summary_covx │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ bamtools_wgsmetrics_metrics │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ bamtools_wgsmetrics_histo │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ chord_prediction │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ chord_signatures │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ cobalt_gcmed_bucket_stats │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ cobalt_gcmed_sample_stats │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ cobalt_ratiomed │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ cobalt_ratiopcf │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ cobalt_ratiotsv │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ cobalt_version │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ cuppa_datacsv │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ cuppa_datatsv │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ cuppa_feat │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ cuppa_predsum │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ flagstats_flagstats │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ isofox_altsj │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ isofox_fusionsall │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ isofox_fusionspass │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ isofox_retintron │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ isofox_genecollection │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ isofox_genedata │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ isofox_summary │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ isofox_transdata │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ lilac_qc │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ lilac_summary │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_breakends │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_clusters │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_drivercatalog │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_version │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_drivers │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_fusions │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_links │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_neoepitope │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_svs │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_visgeneexon │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_viscn │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_visfusion │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_visproteindomain │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_vissegments │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ linx_vissvdata │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ purple_cnvgenetsv │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ purple_cnvsomtsv │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ purple_drivercatalog │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ purple_germdeltsv │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ purple_purityrange │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ purple_puritytsv │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ purple_qc │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ purple_somclonality │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ purple_somhist │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ sage_exoncvg │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ purple_version │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ sage_bqrtsv │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ sage_genecvg_cvg │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ sage_genecvg_genes │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ sigs_allocation │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ sigs_snvcounts │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ virusbreakend_summary │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
public │ virusinterpreter_annotated │ orcabus │ ¤ │ f │ f │ f │ f
(72 rows)